Po raz pierwszy Watson wywołał oburzenie lewactwa w 2007 roku. 14 października 2007 The Sunday Times opublikował wywiad z Watsonem, w którym wyraził on wątpliwości, co do rozwoju Afryki stwierdzając, że polityka społeczna w tej kwestii opiera się na przekonaniu, iż przedstawiciele rasy czarnej dorównują inteligencją przedstawicielom rasy białej. Tymczasem badania pokazują, że jest inaczej.
Po tej wypowiedzi rada Cold Spring Harbor Laboratory zawiesiła go w obowiązkach dyrektora, a Science Museum w Londynie i Uniwersytet Edynburski odwołały jego wykłady, które miał wygłosić na ich zaproszenia. 25 października 2007 złożył rezygnację z funkcji dyrektora instytutu i przeszedł na emeryturę.
Watson przeprosił za to, co powiedział Sunday Times. Jednak teraz, podczas nagrywania na potrzeby PBS filmu dokumentalnego „American Masters: Decoding Watson”, który został wyemitowany 2 stycznia, przyznał, że poglądów nie zmienił.
"Chciałbym, żeby pojawiły się badania potwierdzające, że wychowanie jest ważniejsze niż natura. Ale takich badań nie ma. Jest różnica pomiędzy średnimi wynikami w testach IQ wykonywanych przez białych i czarnych. Powiedziałbym, że różnica jest genetyczna"
– powiedział ostatnio Watson na antenie stacji PBS.
Nowe techniki badania DNA pokazują, że ludzkie populacje były geograficznie oddzielone na tyle długo, że mogły ewoluować różnice w średnich genetycznych w poznaniu i zachowaniu. Teoria multiregionalna (regionalnej ciągłości) wyjaśnia różnice rasowe między Azjatami, Afrykanami, Europejczykami i Aborygenami.